柯南一行人来到太平洋上的神海岛度假，这里流传着关于海底宫殿和两百年前女海盗宝藏的古老传说。小兰与园子兴致勃勃地潜入深海探索遗迹，却意外撞见一群贪婪的寻宝猎人，随即目睹其中一人遭鲨鱼袭击身亡的诡异现场。
这起看似意外的死亡背后暗藏玄机，柯南敏锐察觉凶手的目标正是那批沉睡百年的财宝。随着调查深入，神秘代号"Jolly Roger"浮出水面，而真正的猎人也悄然现身夺走宝藏，更将小兰和园子置于生死边缘。影片巧妙借用了历史上安妮·波妮与玛丽·里德这对传奇女海盗的真实故事，让三百年前的并肩作战与如今兰和园子的深厚羁绊形成跨越时空的呼应。
相比以往剧场版，本作收敛了夸张的动作大场面，回归到更扎实的推理逻辑与人物情感刻画。虽然剧情节奏略显平缓，但没有出现令人出戏的逻辑硬伤，反而用细腻笔触描绘了女性角色间的信任与勇气。当历史传说照进现实谜案，柯南不仅要破解穿越时光的暗号，更要守护身边人的安危，让这部作品在悬疑之外多了一份温情的底色。
